Sekretaris sebagai unsur staf mempunyai tugas pokok membantu Kepala Badan dalam menyelenggarakan kesekretariatan Badan Keuangan Daerah yang meliputi keorganisasian, ketatalaksanaan, kehumasan, pengelolaan keuangan, kerumahtanggaan.
Untuk menyelenggarakan tugasnya, Sekretaris mempunyai fungsi:
1. pengoordinasian perumusan dan penetapan kebijakan umum perencanaan, program dan kegiatan Badan Keuangan Daerah;
2. perumusan program dan kegiatan sekretariat Badan Keuangan Daerah;
3. penyiapan perumusan dan penetapan kebijakan teknis operasional penyelenggaraan tugas pokok dan fungsi Badan Keuangan Daerah;
4. penyelenggaraan fungsi ketatausahaan, perlengkapan, kerumahtanggaan, kehumasan, kepegawaian, perencanaan dan program, keuangan dan pelaporan Badan Keuangan Daerah;
5. pemfasilitasian tugas dan fungsi Kepala Badan serta bidang dan seksi dalam melaksanakan tugas pokok dan fungsi Badan Keuangan Daerah
6. pembinaan, pengawasan, pengendalian dan pengevaluasian pelaksanaan tugas pokok dan fungsi sub bagian umum dan sub bagian program dan keuangan;
7. perumusan dan pengoordinasian penyusunan laporan pelaksanaan tugas Badan Keuangan Daerah; dan
8. pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh pimpinan dalam lingkup bidang tugasnya.
Sekretariat membawahkan:
1. Sub Bagian Umum;
2. Sub Bagian Program dan Pelaporan; dan
3. Sub Bagian Keuangan.

Sub Bagian Umum sebagai pembantu unsur staf mempunyai tugas pokok membantu sekretaris dalam melaksanakan kegiatan umum dan kerumahtanggaan, administrasi kepegawaian, organisasi dan ketatalaksanaan, kehumasan serta ketatausahaan.
Untuk menyelenggarakan tugas pokoknya, Kepala Sub Bagian Umum mempunyai fungsi:
1. penyiapan bahan perumusan program dan kegiatan Sekretariat Badan Keuangan Daerah;
2. perumusan program dan kegiatan Sub Bagian Umum;
3. penyiapan bahan perumusan kebijakan teknis operasional kegiatan ketatausahaan, perlengkapan, kerumahtanggaan, kehumasan, dan kepegawaian;
4. pelaksanaan kegiatan ketatausahaan, perlengkapan, kerumahtanggaan, kehumasan, kepegawaian, perencanaan dan program, keuangan dan pelaporan Badan Keuangan Daerah;
5. pembinaan, pengendalian dan evaluasi Sub Bagian Umum;
6. penyiapan bahan fasilitasi tugas dan fungsi Kepala Badan, Bidang dan Kepala Sub Bidang dalam melaksanakan tugas pokok dan fungsi Badan Keuangan Daerah;
7. pengendalian dan pengevaluasian pelaksanaan tugas pokok dan fungsi Sekretariat Badan Keuangan Daerah;
8. perumusan dan pengoordinasian penyusunan laporan pelaksanaan tugas Badan Keuangan Daerah; dan
9. pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh pimpinan dalam lingkup bidang tugasnya.

Sub Bagian Program dan Pelaporan sebagai pembantu unsur staf dipimpin oleh seorang Kepala Sub Bagian mempunyai tugas pokok membantu Sekretaris dalam melakukan pengumpulan, identifikasi, analisa, pengolahan dan penyajian data/informasi untuk penyiapan bahan penyusunan perencanaan, dan melakukan penyiapan bahan monitoring, evaluasi dan pelaporan.
Untuk melaksanakan tugas pokoknya, Kepala Sub Bagian Program dan Pelaporan mempunyai fungsi:
1. penelaahan data/informasi sebagai bahan penyusunan rencana kerja;
2. penelaahan data/informasi sebagai bahan perumusan kebijakan umum dan teknis operasional perencanaan Badan;
3. pengumpulan dan penelaahan data/informasi untuk penyiapan bahan penyusunan perencanaan Badan;
4. penyiapan data sebagai bahan monitoring dan evaluasi pelaksanaan rencana kerja Badan;
5. penyiapan data/informasi sebagai bahan penyusunan pelaporan pelaksanaan rencana kerja Badan;
6. pengendalian, evaluasi dan pelaporan pelaksanaan tugas Sub Bagian Program dan Pelaporan; dan
7. pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh atasan sesuai dengan tugas dan fungsinya.

Sub Bagian Keuangan sebagai pembantu unsur staf dipimpin oleh seorang Kepala Sub Bagian mempunyai tugas pokok membantu Sekretaris dalam melakukan pengumpulan, identifikasi, analisa, pengolahan dan penyajian data/informasi untuk penyiapan bahan monitoring, evaluasi dan pelaporan serta pengelolaan keuangan.
Untuk melaksanakan tugas pokoknya, Kepala Sub Bagian Keuangan mempunyai fungsi:
1. penelaahan data/informasi sebagai bahan penyusunan rencana kerja;
2. penelaahan data/informasi sebagai bahan perumusan kebijakan umum dan teknis operasional pengelolaan keuangan Badan;
3. pengumpulan dan penelaahan data/informasi untuk penyiapan bahan penyusunan pengelolaan keuangan Badan;
4. pengumpulan dan penelaahan data/informasi untuk penyiapan bahan perumusan kebijakan umum dan teknis bidang keuangan daerah;
5. pelaksanaan pengelolaan keuangan Badan;
6. pengendalian, evaluasi dan pelaporan pelaksanaan tugas Sub Bagian Keuangan; dan
7. pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh atasan sesuai dengan tugas dan fungsinya.